Бахтиер Худойназаров родился в Душанбе. Работал журналистом на радио и телевидении, ассистентом режиссера на киностудии «Таджикфильм». В 1989 окончил режиссерский факультет Всесоюзного государственного института кинематографии, мастерская Игоря Таланкина. Учился на одном курсе со многими будущими деятелями российского кинематографа: Федором Бондарчуком, Иваном Охлобыстиным, Тиграном Кеосаяном, Александром Башировым, Рашидом Нугмановым и другими. На параллельном курсе, на сценарном факультете в то же время учились Рената Литвинова, Роман Качанов и другие.
Первый полнометражный игровой фильм Бахтиера «Братан» (1991) получил ряд призов на международных кинофестивалях. Второй фильм «Кош-ба-кош» (1993) был отмечен «Серебряным львом» кинофестиваля в Венеции. Трагикомедия «Лунный папа» (1999) стала его наиболее известной режиссерской работой.
Бахтиер Худойназаров умер в результате тяжелой болезни 21 апреля 2015 года в Берлине, не дожив чуть больше месяца до своего 50-летия.
